В мире, где магия и наука идут рука об руку, братья Эдвард и Альфонс пытаются вернуть к жизни свою мать, которая трагически погибла. Ошеломленные потерей, они решились на отчаянный шаг - провести ритуал алхимии, но их попытки оказались роковыми. Эдвард потерял руку и ногу, а Альфонс лишился своего тела и стал призраком, заключенным в стальных доспехах. Осознавая, что у них нет времени на горе, братья узнают о существовании Философского Камня - магического артефакта, способного повернуть время вспять и исправить их ошибки. Они отправляются в опасное путешествие, встречая на своем пути верных друзей и могущественных врагов, которые пытаются помешать им в достижении их цели. Неожиданным открытием для братьев становится тайна их пропавшего отца. Они узнают, что он не погиб, как они всегда думали, и что он является ключевым элементом в их поисках Философского Камня. Эдвард решает устроиться на работу в государственную службу, чтобы получить доступ к ресурсам, необходимым для продолжения поисков. Стимулированные желанием вернуть свои утраченные тела, братья проводят серию опасных экспериментов, которые иногда оказываются неудачными. Однако не только они ищут Философский Камень.