Токиха Маи и ее больной младший брат Такуми только что переведены в престижную государственную школу Фуука Гакуэн. Во время их путешествия на пароме в школу паром становится ареной сражения между двумя девушками со сверхъестественными способностями. Позже Маи узнает, что она одна из этих девушек с необычными способностями, известными как HiME (Highly-advanced Materializing Equipment).