В погоне за самой опасной легендой океана — Летучим Голландцем — Губка Боб и Патрик решаются на путешествие в сердце морской пучины. На дне мира, куда не проникает свет, им предстоит разгадывать древние морские загадки и сталкиваться с невообразимыми созданиями. А тем временем, осознав масштаб опасности, мистер Крабс и вечно недовольный Сквидвард вынуждены пуститься по их следу, чтобы вернуть безумных смельчаков обратно в Бикини Боттом.