Через тысячи лет после необъяснимого катаклизма, превратившего человечество в каменные статуи, мир снова пробуждается, но уже дикий, необузданный и захваченный природой. Каменные монолиты бывших людей стоят среди лесов и рек, напоминая о давно ушедшей эпохе. Среди первых пробудившихся оказывается гениальный подросток Сенку Ишигами, обладающий непревзойденным умом и страстью к науке. Его цель амбициозна: возродить цивилизацию с нуля, используя только природные ресурсы и силу знаний. Сенку начинает свое путешествие в одиночестве, исследуя древний мир и находя способы воспроизвести ключевые достижения человечества: огонь, колесо, металл, медицину. Его стратегия – последовательность научных открытий, каждое из которых приближает его к мечте. Однако вскоре он встречает друзей и врагов. Одним из первых пробудившихся становится его лучший друг Тайдзю Оки, невероятно сильный, но простой человек, и Йузуриха Огава, добрая девушка с тонким чувством ответственности. Но их мир меняется, когда пробуждается Цукаса Сисио, физически сильный и идеологически противоречивый молодой человек, который считает, что нужно построить новый мир без тирании и алчности старого общества. Его видение противостоит мечте Сенку о полном возрождении науки и технологий. Конфликт между ними перерастает в открытую войну, где наука сталкивается с чистой силой.