Действие фильма разворачивается в альтернативной реальности 1985 года, где мир находится на грани ядерной катастрофы. Это продолжение первой части, в котором сюжет углубляется и достигает кульминации. Главные герои — бывшие супергерои, вынужденные работать вне закона. Они сталкиваются с личными трагедиями и философскими вопросами, пытаясь раскрыть заговор, способный уничтожить человечество.

После убийства Эдварда Блейка, известного как Комедиант, расследование Роршаха выводит его на след более масштабной конспирации. В центре внимания также находятся Ночной Филин и Шелковый Призрак, которые возвращаются к активной деятельности, несмотря на угрозы со стороны общества и правительства. Одновременно доктор Манхэттен, способный буквально менять реальность, вынужден разобраться с моральной дилеммой, касающейся его места в жизни человечества.