В мультфильме «Лего Атлантида» мы встречаемся с уже знакомыми героями. Профессор Саманта Родс решает присоединиться к команде подводной лодки «Перевозчик Нептуна», и они отправляются на поиски затерянного города. Саманта стремится не просто найти Атлантиду, но и раскрыть её тайну. Прежде чем герои найдут затерянный сити, им придётся преодолеть множество препятствий. Их ждут испытания, которые не каждому под силу. Отважный и решительный капитан Спидман ведёт свою команду вперёд, помогая ей достигать целей, какими бы сложными они ни казались на первый взгляд.