Мультфильм продолжает историю бесстрашных мышей. Прошло много времени с тех пор, когда Бризби спас всех крыс из исследовательского центра НИМХ. Теперь мыши живут в долине, выращивая фрукты и овощи. НИМХ все еще помнит отважных мышей и готовит новое нападение. Только молодой мышонок по имени Тимми может спасти свою расу.

Тимми учится в Змеином патруле и перед экзаменами встречает красивую мышку Дженни. Когда он узнает, что родители Дженни в плену у НИМХа, он решает помочь им. Однако его друзья из долины, запуганные НИМХ’ом, отказываются быть героями.

Когда приходит новость, что брат Дженни попал в плен, Тимми принимает решение действовать. Вместе с Дженни и новыми друзьями он идет спасать пленников, готовясь сразиться с НИМХ для свободы своего народа.