Сюжет мультфильма начинается с появления в городе новой банды под названием “Пурпурные драконы”. Во время одного из их нападений их останавливают персонажи, похожие на Черепашек-ниндзя.

Учитель Сплинтер узнает об этом инциденте и обнаруживает, что его ученики не были на месте преступления во время нападения. Герои обнаруживают, что в городе появились современные Черепашки-ниндзя, которые защищают город от зла и преступности.

Теперь герои объединяются в команду, чтобы бороться со злом и преступностью в городе. Также они должны противостоять двум Шреддерам.