После событий первого фильма "Патлабор", после террористического акта на мосту в Токио, вся Япония в смятении. Японское правительство подозревает американцев в попытке дестабилизировать ситуацию, но на самом деле не имеет ни малейшего представления о том, кто стоит за нападением. Единственные улики, которые у них есть, - это сведения о секретной организации под названием "Семья национальной обороны" и об уничтожении трудового отряда ООН. Когда времени остается все меньше, правительство обращается к капитану Гото и Отделу трудовых ресурсов полиции 2, чтобы восполнить недостающие детали...