Год - Космическая эра 73, два года спустя после окончания войны между Землей и ПЛАНТАМИ. Благодаря усилиям обеих сторон наконец-то был достигнут мир, но ему не суждено было продлиться долго. Когда мятежные солдаты Земных сил проникают на ПЛАНТы и крадут новые прототипы Гундамов ZAFT, Шинн Асука и команда военного корабля "Минерва" должны выследить их и вернуть мобильные костюмы. В условиях, когда война снова в самом разгаре, найдут ли Шинн и остальные способ восстановить мир?